どの機能プログラミング言語にバイオインフォマティクスライブラリがありますか？ [閉まっている

Question

バイオインフォマティクスライブラリを簡単に利用できる機能的なプログラミング言語はどれですか？

（次のようなマルチパラダイム言語を含めないでください ルビー)

アップデート: ：現在、主要な機能的プログラミング言語がバイオインフォマティクスライブラリに簡単にアクセスできないことをリストすることも大歓迎です。

Answer 1

Rはマルチパラダイム言語ではなく機能的ではなく、機能的だと考えていますか？

もしそうなら、Rにはバイオインフォマティクスの最大のライブラリがあります。 CRANには多くのモジュールがありますが バイオコンダクタ あなたが探しているものです。それはアクティブなコミュニティであり、ほとんどのライブラリはピアレビュージャーナルで公開されています。

注：Perl、Python、およびC/C ++とJavaでのいくつかの小さな努力は別として、他のプログラミング言語には優れたバイオインフォマティクスライブラリがまったくないと思います。

Answer 2

私は最初の真面目を始めました Bioscala プロジェクト。これには、チュートリアルとデザイン哲学が含まれています。さらに、blog.thebird.nlのバイオインフォマティクスにScalaを使用することを説明しています。 Bioscalaは進行中の作業です。 ScalaのBiojavaとBiorubyの両方を使用できるため、すぐにBiolibを使用することができます。

Answer 3

最も維持されている、汎用、言語固有のバイオインフォマティクスライブラリは、 オープンバイオインフォマティクス財団: ：Bioperl、Biopython、Biojava、Bioruby、およびBiolib（C ++）。これらのライブラリは非常に便利で、そうでなければ別の言語を好む場合でも、これらの言語のいずれかでスクリプトを書くのが簡単なことがよくあります。

Andrewが指摘したように、ScalaやClojureなどのJVMベースの機能言語からBiojavaを使用できます。

Biolib 他のものよりも新しいですが、他の言語がリンクできるようにSwigでうまく機能することを意図しています。 Haskellには優れたFFIがありますので、NCBIツールキットライブラリをBiolibで使用してみてください。これらはおそらくBiohaskellよりも優れています。

Answer 4

逆に、Haskellでプログラムを書くことは非常に便利であるため、他の誰かの不明瞭な命令コードを理解しようとするよりも、不足している機能を自分で提供する方が簡単なことがよくあります。

エリックは私のメンテナンススキルに問題を抱えていますが（パッチが受け入れられた、ご存知のように）、Haskellはバイオインフォマティクスの優れたプラットフォームだと思います。私のために働く！

Answer 5

• Biohaskellが存在します： ブログ, 別のリンク
• Scalaの支持者は、Biojavaを使用できると述べています。 バイオインフォマティクスのScala

Answer 6

そして一緒に BioRuby, 、 あなたが持っている biogem コアにないパッケージの場合 bioruby, 、そのため、さらに多くのパッケージがあります。