Sécurisant fil de fonctions en C pour OpenMP

Question

I ai une fonction qui détermine si un tableau doit être lissée. Je dispose de plusieurs tableaux que cette opération doit être préformé sur. Je voudrais utiliser les sections en construction OpenMP pour le faire. Malheureusement, je suis en cours d'exécution dans des erreurs de segmentation dès que le code se développe dans une taille appréciable. Cela peut être un problème de limitation de la mémoire, mais je voudrais que votre entrée. Voici le code de pseudo pour l'appel à la fonction:

#pragma omp parallel default(shared) private(i,j,k,memd,memi,mdpmi,mdpme,mipmn,mipmn,mdinv,meinv,miinv,mimime,memime,gchk,spat,dtinv,mtempx,mtempy,mtempz,mtempinv) \
                     firstprivate(memd,memi,mdpmi,mdpme,mipmn,mipmn,mdinv,meinv,miinv,mimime,memime,gchk,spat,dtinv)
{
.
.
.
  #pragma omp single
  printf("----- Check for smoothing -----\n");
  #pragma omp sections
  {
    //Grids are now at the same timestep so we smooth
    #pragma omp section
    {
      printf("-----   Smoothing of Rho by TID:%d\n",omp_get_thread_num());
      smooth(mhd->rho,mhd->rhosmo,grid,omp_get_thread_num());
    }
    #pragma omp section
    {
      printf("-----   Smoothing of Rhoi by TID:%d\n",omp_get_thread_num());
      smooth(mhd->rhoi,mhd->rhoismo,grid,omp_get_thread_num());
    }
    .
    .
    .
  } /*-- End of Sections --*/
  .
  .
  .
} /*-- End of Parallel Region --*/

Maintenant, les regards de fonction comme celle-ci

void smooth(double ***field,char ***tsmooth,GRID *grid,int tid)
{
  double mtempx[grid->nx][grid->ny][grid->nz];
  double mtempy[grid->nx][grid->ny][grid->nz];
  double mtempz[grid->nx][grid->ny][grid->nz];
  double mtempinv;
  double etol=1e-10;  //Oscillation amplitude tollerance
  double itol=1e-2;   //Inverse tollerance
  for(i=0;i<grid->nx;i++)
  {
    for(j=0;j<grid->ny;j++)
    {
      for(k=0;k<grid->nz;k++)
        {
          printf("-----  SMOOTH(TID:%2d) i=%3d j=%3d k=%3d\n",tid,i,j,k);
          mtempx[i][j][k]=0.0;
          mtempy[i][j][k]=0.0;
          mtempz[i][j][k]=0.0;
          tsmooth[i][j][k]=0;
        }
    }
  }
  for(i=1;i<grid->nx-1;i++)
  {
    for(j=1;j<grid->ny-1;j++)
    {
      for(k=1;k<grid->nz-1;k++)
      {
        mtempinv=1.;
        if (sqrt(field[i][j][k]*field[i][j][k]) > itol) mtempinv=1./field[i][j][k];
        mtempx[i][j][k]=(field[i+1][j][k]-field[i][j][k])*(field[i][j][k]-field[i-1][j][k]);
        mtempy[i][j][k]=(field[i][j+1][k]-field[i][j][k])*(field[i][j][k]-field[i][j-1][k]);
        mtempz[i][j][k]=(field[i][j][k+1]-field[i][j][k])*(field[i][j][k]-field[i][j][k-1]);
        if (sqrt(mtempx[i][j][k]*mtempx[i][j][k])*mtempinv*mtempinv <= etol) mtempx[i][j][k]=0.0;
        if (sqrt(mtempy[i][j][k]*mtempy[i][j][k])*mtempinv*mtempinv <= etol) mtempy[i][j][k]=0.0;
        if (sqrt(mtempz[i][j][k]*mtempz[i][j][k])*mtempinv*mtempinv <= etol) mtempz[i][j][k]=0.0;
      }
    }
  }
  for(i=1;i<grid->nx-1;i++)
  {
    for(j=1;j<grid->ny-1;j++)
    {
      for(k=1;k<grid->nz-1;k++)
      {
        if (   ((mtempx[i][j][k] < 0.0) && ((mtempx[i+1][j][k] < 0.0)||(mtempx[i-1][j][k] < 0.0))) 
                || ((mtempy[i][j][k] < 0.0) && ((mtempy[i][j+1][k] < 0.0)||(mtempy[i][j-1][k] < 0.0)))
                || ((mtempz[i][j][k] < 0.0) && ((mtempz[i][j][k+1] < 0.0)||(mtempx[i][j][k-1] < 0.0)))) tsmooth[i][j][k]=1;
      }
    }
  }

}

Maintenant cette belle série et en travaillé pour les tableaux 101x7x49 il semblait fonctionner très bien, mais quand je suis allé à un tableau de 389x7x739 je pourrais passer le premier printf dans la fonction. Note Je n'ajouté les printf pour aider à comprendre ce qui se passait. Ne devrait pas ce threadées?

Answer 1

Les matrices temporaires (mtempx, mtempy, etc.) nécessitent plus d'espace que votre pile de système fournit. allouer dynamiquement les tampons au lieu (ou les déclarer statiquement pour être une taille fixe).