prueba de error bioperl en Perl

Question

novato aquí, yo estoy tratando de utilizar el módulo Bioperl en el entorno de Perl. Mi configuración son

• Windows Vista / 32
• Activo Perl 5.10.1
• Bioperl 1.6.1
• Padre y Per Studio 2010 IDE

En la guía de instalación Fui a través de BioPerlWiki y el método PPM. He instalado con éxito.

Para comprobar si estaba trabajando Bioperl Seguí futher:

use Bio::Perl;  // Is working without error

Pero cuando traté de hacer la comprobación futher como

#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);

A continuación, estoy recibiendo el error

Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros

I fue al c:\perldoc Bio::Perl y sé que es usos, aún más trataba de trazar errores a través de Google también, pero no sé lo que está mal.

Soy consciente de Perl y bioperl estar en la ruta del sistema también. Can punto de que nadie me lo errores estúpidos que he estado haciendo?

Pedirá a la lista de correo bioperl también, pero sé su Reponse no es tan rápida como stackoverflow

Gracias

Answer 1

Puede utilizar el diagnóstico pragma para extender los diagnósticos emitidos por Perl:

use diagnostics;
# your_code

Esto le proporcionará una explicación detallada:

You've said "use strict" or "use strict vars", which indicates
that all variables must either be lexically scoped (using "my"),
declared beforehand using "our", or explicitly qualified to say
which package the global variable is in (using "::").