Può paravewew leggere il mio file netcdf4 (HDF5)

Question

Capisco che ParaView può leggere i file classici NetCDF attraverso il suo backend VTK. Tuttavia, dopo diversi tentativi non riesco a leggere un file NetCDF 4 che utilizza il modello di dati avanzato. Vorrei utilizzare il nuovo formato file poiché consente l'uscita parallela con MPI.

Ho compilato uno degli esempi programmi C da http:// www. unidata.ucar.edu/software/netcdf/examples/programs/ Modifica del flag di creazione su NC_NETCDF4 e ha provato ad aprire il file risultante in ParaView (V4.0.1), che ho installato tramite il gestore del pacchetto Ubuntu. Mi dice sempre che "un lettore (...) non può essere trovato. Per favore scegli uno: (...)" Tuttavia, nessuno dei lettori da scegliere può effettivamente leggere il file.

Può qualcuno dirmi se

.

• ParaView è semplicemente impossibile aprire file netcdf 4 o

• ha bisogno di una specie di flag di installazione e una reinstallazione

• C'è qualche opzione miracolo in paravewer che non ho ancora trovato?

Answer 1

La soluzione era scaricare una versione corrente dal sito di download dei kitWare anziché quello nel gestore del pacchetto Ubuntu.Apparentemente ci sono alcuni flag di installazione impostati nel pacchetto paravewiew di Ubuntu.

Answer 2

xmdf Files mi ha aiutato a leggere NetCDF con versioni precedenti di ParaView .

Io li uso per gestire un altro problema in realtà che non sono sicuro se è importante per te o non , NetCDF vengono salvati in base all'indice dell'array.Se desideri visualizzarli su ParaView con le coordinate fisiche corrette, penso che l'unico modo sia creare un file xmdf. Non sono sicuro se è l'unico modo, si prega di commentare se ci sono altri modi, anche per favore dai un'occhiata a mia Domanda Informazioni su questo:

Un esempio di file XMDF è simile a quello:

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2001/XInclude" Version="2.0">
   <Domain>
      <Grid Name="gridxyz">
        <Topology TopologyType="3DSMesh" NumberOfElements="064 0129 0513">
        </Topology>
<!-- Read Coordinates -->
        <Geometry GeometryType="X_Y_Z">
           <DataItem Name="X" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridx
           </DataItem>
           <DataItem Name="Y" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridy
           </DataItem>
           <DataItem Name="Z" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridz
           </DataItem>
        </Geometry>
<!-- Read Scalar -->
        <Attribute Name="ux1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/ux1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uy1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc/uy1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uz1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/uz1
           </DataItem>
        </Attribute>
     </Grid>
   </Domain>
</Xdmf>

.

Answer 3

Ho avuto lo stesso problema con ParaView 5.5.0-RC3 su OS X. È stato risolto salvando il file NetCDF in "Modalità classica" , come segue:

from netCDF4 import Dataset
foo_dataset = Dataset("foo.nc", "w", format="NETCDF4_CLASSIC")

.