Puede Paraview leer mi NetCDF4 (HDF5) archivo

Question

Entiendo que paraview puede leer clásico netcdf archivos a través de su VTK backend.Sin embargo, después de varios intentos no puedo hacer es leer un netcdf 4 de archivo que utiliza los datos del modelo.Me gustaría utilizar el nuevo formato de archivo, ya que permite la salida paralela con MPI.

He compilado un ejemplo de los programas de C de http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/examples/programs/ el cambio de la creación de la bandera a NC_NETCDF4 y trató de abrir el archivo resultante en paraview (v4.0.1), que he instalado a través del gestor de paquetes de ubuntu.Siempre me dice que "Un lector (...) no podía ser encontrado.Por favor, elija uno:(...) " Sin embargo, ninguno de los lectores para elegir en realidad se puede leer el archivo.

Alguien me puede decir si

• paraview simplemente no puede abrir netcdf 4 archivos, o

• es necesario algún tipo de instalación de la bandera y una reinstalación

• hay algún milagro opción en paraview que no he encontrado todavía?

Answer 1

La solución fue descargar una versión actual desde el sitio de descarga de Kitware en lugar de la del Administrador de paquetes de Ubuntu.Aparentemente, hay algunas banderas de instalación, establezcan mal en el paquete de vista previa de Ubuntu.

Answer 2

xmdf los archivos me ayudó a leer netcdf los archivos con las versiones anteriores de paraview así.

Yo los uso para lidiar con otro problema realmente lo que no estoy seguro de si es importante para usted o no, netcdf los archivos se guardan basado en el índice de la matriz.Si desea visualizar en paraview con la correcta coordenadas físicas, creo que la única manera es crear un xmdf archivo. no estoy seguro si es la única manera, por favor comente si hay otras maneras, también por favor, eche un vistazo a mi pregunta acerca de que:

Un ejemplo xmdf archivo se parece a:

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2001/XInclude" Version="2.0">
   <Domain>
      <Grid Name="gridxyz">
        <Topology TopologyType="3DSMesh" NumberOfElements="064 0129 0513">
        </Topology>
<!-- Read Coordinates -->
        <Geometry GeometryType="X_Y_Z">
           <DataItem Name="X" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridx
           </DataItem>
           <DataItem Name="Y" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridy
           </DataItem>
           <DataItem Name="Z" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridz
           </DataItem>
        </Geometry>
<!-- Read Scalar -->
        <Attribute Name="ux1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/ux1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uy1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc/uy1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uz1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/uz1
           </DataItem>
        </Attribute>
     </Grid>
   </Domain>
</Xdmf>

Answer 3

Tuve este mismo problema con Paraview 5.5.0-RC3 en OS X. Se resolvió ahorrando el archivo NetCDF en 'modo clásico' , de la siguiente manera:

from netCDF4 import Dataset
foo_dataset = Dataset("foo.nc", "w", format="NETCDF4_CLASSIC")